Историјат Предсједништва Босне и Херцеговине почиње 1974. године, када је Уставом тадашње Социјалистичке Републике Босне и Херцеговине, у оквиру СФРЈ, установљена нова институција у друштвено–политичком систему. У тадашњем систему Предсједништво је бројало 9 чланова, да би, након првих вишестраначких избора, у децембру 1990. године, имало 7 чланова, по два члана из реда бошњачког, српског и хрватског народа и један члан из реда осталих народа.
Предсједништво Босне и Херцеговине, на основу садашњег Устава, дефинисано је као највиша државна институција, у којој функцију колективног шефа државе врше равноправно три члана из реда конститутивних народа Босне и Херцеговине: бошњачког, српског и хрватског. Уставне надлежности Предсједништва дефинисане су чланом V Устава, који представља посебан анекс Оквирног споразума за мир у Босни и Херцеговини који је парафиран у Дејтону 21. новембра 1995. године и званично потписан у Паризу 14. децембра 1995. године.
Први сазив Предсједништва Босне и Херцеговине изабран је у септембру 1996. године, на првим послијератним изборима, директним гласањем у Федерацији Босне и Херцеговине (бошњачки и хрватски члан) и у Републици Српској (српски члан). За члана Предсједништва из реда бошњачког народа изабран је Алија Изетбеговић, за члана Предсједништва из реда српског народа Момчило Крајишник, а за члана Предсједништва из реда хрватског народа Крешимир Зубак. Овај сазив Предсједништва вршио је дужност до октобра 1998. године, када су имплементирани резултати избора из септембра исте године и када је конституисан други сазив Предсједништва Босне и Херцеговине.
Други сазив Предсједништва Босне и Херцеговине конституисан је у октобру 1998. године. Те године, на општим изборима, у Предсједништво су изабрани: Алија Изетбеговић за члана Предсједништва из реда бошњачког народа, Живко Радишић за члана Предсједништва из реда српског народа и Анте Јелавић за члана Предсједништва из реда хрватског народа. У октобру 2000. године Алија Изетбеговић се повлачи са функције личном одлуком. На његово мјесто Парламентарна скупштина Босне и Херцеговине бира Халида Гењца на привременој основи, у складу са Законом о попуни упражњеног мјеста члана Предсједништва Босне и Херцеговине. Високи представник је у марту 2001. године, личном одлуком, смијенио са функције члана Предсједништва Анту Јелавића.
Од краја марта 2001. године, а на основу Закона о попуни упражњеног мјеста члана Предсједништва Босне и Херцеговине, Парламентарна скупштина бира Бериза Белкића на функцију члана Предсједништва из реда бошњачког и Јозу Крижановића за члана Предсједништва из реда хрватског народа. Живко Радишић је остао на функцији члана Предсједништва из реда српског народа.
Након општих избора у октобру 2002. године, изабран је трећи сазив Предсједништва БиХ, који чине: Мирко Шаровић, члан Предсједништва из реда српског народа, Драган Човић члан Предсједништва из реда хрватског народа и Сулејман Тихић, члан Предсједништва из реда бошњачког народа. На конститутивној сједници за првог Предсједавајућег новог сазива изабран је Мирко Шаровић. Након што је поднио оставку на мјесто предсједавајућег Предсједништва БиХ у априлу 2003. године, умјесто Мирка Шаровића за члана Предсједништва БиХ из реда српског народа изабран је Борислав Паравац.
У марту 2005. године високи представник за БиХ Педи Ешдаун смијенио је др. Драгана Човића са функције члана Предсједништва БиХ из реда хрватског народа.
Након одлуке високог представника за БиХ Педија Ешдауна о смјени др Драгана Човића Парламентарна скупштина БиХ је, на основу Закона о попуни упражњеног мјеста члана Предсједништва Босне и Херцеговине, донијела одлуку о избору Иве Мире Јовића за члана Предсједништва из реда хрватског народа.
Након општих избора у октобру 2006. године, изабран је четврти сазив Предсједништва БиХ, који чине: Небојша Радмановић, члан Предсједништва БиХ из Републике Српске, Жељко Комшић, члан Предсједништва БиХ из реда хрватског народа и др. Харис Силајџић, члан Предсједништва БиХ из реда бошњачког народа.
На конститутивној сједници Предсједништва БиХ, одржаној 6. новембра 2006. године, за првог предсједавајућег Предсједништва БиХ изабран је Небојша Радмановић.
Након општих избора у Босни и Херцеговини, одржаних у октобру 2010. године, изабран је пети сазив Предсједништва БиХ, који чине: Небојша Радмановић, члан Предсједништва БиХ из Републике Српске, Жељко Комшић, члан Предсједништва БиХ из реда хрватског народа, те Бакир Изетбеговић, члан Предсједништва БиХ из реда бошњачког народа.
На конститутивној сједници Предсједништва БиХ, одржаној 10. новембра 2010. године, за првог предсједавајућег Предсједништва БиХ изабран је Небојша Радмановић.
Предсједавајући Предсједништва БиХ
У складу са Уставом и Пословником о раду, сваких осам мјесеци од 1998. године вршена је редовна ротација на мјесту предсједавајућег Предсједништва Босне и Херцеговине, док је у периоду од 1996. до 1998. године функцију предсједавајућег Предсједништва вршио Алија Изетбеговић.
Алија Изетбеговић ( октобар 1996. – октобар 1998. )
Живко Радишић ( октобар 1998. – јуни 1999. )
Анте Јелавић ( јуни 1999. – фебруар 2000. )
Алија Изетбеговић ( фебруар 2000. – октобар 2000. )
Живко Радишић ( октобар 2000. – јуни 2001. )
Јозо Крижановић ( јуни 2001. – фебруар 2002. )
Бериз Белкић ( фебруар 2002. - октобар 2002. )
Мирко Шаровић ( октобар 2002. - април 2003. )
Борислав Паравац ( април 2003. - јуни 2003. )
Драган Човић ( јуни 2003. - фебруар 2004. )
Сулејман Тихић ( фебруар 2004. - октобар 2004. )
Борислав Паравац ( октобар 2004. - јуни 2005. )
Иво Миро Јовић ( јуни 2005. - фебруар 2006. )
Сулејман Тихић ( фебруар 2006. - новембар 2006. )
Небојша Радмановић ( новембар 2006. - јули 2007. )
Жељко Комшић ( јули 2007. - март 2008. )
Харис Силајџић ( март 2008. - новембар 2008. )
Небојша Радмановић ( новембар 2008. - јули 2009. )
Жељко Комшић ( јули 2009. - март 2010. )
Харис Силајџић ( март 2010. - новембар 2010. )
Небојша Радмановић ( новембар 2010. - јули 2011. )
Жељко Комшић ( јули 2011. - март 2012. )
Бакир Изетбеговић ( март 2012. - новембар 2012. )
Небојша Радмановић ( новембар 2012. - )